Fat32和NTFS是为了跟踪硬盘中的所有文件而创建的。由比尔-盖茨和马克-麦克唐纳创建的Fat(文件分配系统)是这两个系统中较早的一个，自1977年首次出现以来已经经历了很多变化。这个数字表示跟踪文件所需的比特数。在容量超过4GB的硬盘进入市场之前，Fat16一直是标准，这时Fat32才被创造出来。
NTFS文件系统诞生于OS/2使用的HPFS文件系统，是IBM和微软的合作项目。当这笔交易没有推动，HPFS中的一些功能在NTFS出现在Windows NT平台时出现了。此后，它得到了发展，并出现在最近的Windows版本中，如XP、Vista和即将发布的Windows 7。微软拥有NTFS的专利，因此在文件系统方面没有透露任何细节，使得NTFS驱动器在很长一段时间内只能被Windows系统读取，尽管已经有一些Linux实现能够访问NTFS驱动器，但没有其突出功能。
Fat32是一个非常简单的、不含杂质的系统，也有非常多的文件。除了记录文件的位置之外，它其实并没有做太多的事情。这就是为什么它已经成为大多数便携式存储介质(如闪存驱动器、MP3播放器和存储卡)的首选文件系统。
NTFS文件系统则恰恰相反，它提供了多种增强功能，不仅提高了性能，而且还提高了安全性。其中之一是透明文件压缩，当文件被写入磁盘时自动压缩。这有可能释放一些磁盘空间，但文件可能需要一些时间来加载。另一个是磁盘配额，系统管理员可以指定某个用户可以使用多少磁盘。
在NTFS和FAT32文件系统之间做出选择是一项相对容易的工作。简单地说，当你想在windows计算机系统上部署NTFS时，它是更好的选择。不仅是因为速度的提高，还因为它的多种功能。但对于便携式媒体来说，它并不可取，因为大多数设备和其他操作系统都难以或完全无法访问NTFS驱动器。
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