人体内有两种类型的生物和微小的单细胞细菌，称为有氧和厌氧细菌。有氧细菌能够使用氧气，而厌氧细菌在没有氧气存在的情况下也能维持自身。有氧细菌能够解毒，而厌氧细菌不能像有氧细菌那样充分分解食物分子。
与厌氧菌相比，好氧菌从食物中获取能量，而厌氧菌可以在氧气较少的地方生存，如人的内脏。一些厌氧菌也会在人体中氧气供应较少的地方引起疾病。如果没有参与化学反应的充足的氧气供应，好氧细菌就不能生长，而厌氧一词则不意味着这一点。
与厌氧细菌相比，好氧细菌使用O2进行细胞呼吸。厌氧呼吸意味着能量循环，产生能量的效率较低。有氧呼吸是由O2和葡萄糖在细胞线粒体内一起代谢的复杂过程所发出的能量。通常在跑步者中，当他快速奔跑时，身体会进入氧债状态。这导致无氧呼吸，从而使肌肉中产生乳酸结晶。这导致肌肉疼痛，通过按摩该区域以溶解或在血流的帮助下冲走晶体而得到治疗。
厌氧菌与好氧菌在发酵过程中发生冲突。好氧细菌利用空气中的氧气进行能量代谢，而厌氧细菌则不需要空气中的氧气进行能量代谢。
这可以通过做一个实验来理解，通过在液体培养中培养好氧和厌氧细菌来识别它们。好氧细菌会聚集在上面，吸入大部分氧气以生存，而厌氧细菌则宁愿聚集在底部以避免氧气。
几乎所有的动物和人类都是需要氧气进行呼吸的强制性好氧菌，而厌氧酵母则是一种兼性厌氧菌的例子。个别人类细胞也是兼性厌氧菌。如果没有氧气，它们会转为乳酸发酵。
好氧细菌和厌氧细菌的区别
- 有氧细菌吸入氧气以保持活力。
- 厌氧菌在有氧的情况下死亡，因此避免使用氧气。
- 有氧呼吸在细胞内一个复杂过程的帮助下产生能量。
- 无氧呼吸会产生晶体，并导致肌肉部位的疼痛。
- 人类和动物，以及大多数真菌等都是需要呼吸和吸入氧气才能生存的专职需氧菌。
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